Heiligabend 1947 war die Kirche provisorisch soweit wieder hergestellt, daß der erste Gottesdienst gefeiert werden konnte. Als eines der ersten weiteren Bauvorhaben wurde, noch vor dem Wiederaufbau des Turmhelms, eine neue Orgel geplant. Dies war der erste große Orgelneubau in Bremen nach dem zweiten Weltkrieg. Kantor Harald Wolff legte in Zusammenarbeit mit Christhard Mahrenholz verschiedene Dispositionsentwürfe vor, darunter auch mehrere Varianten, die an die Größe der verloren gegangenen Orgel anknüpften mit 4 Manualen, bis zu 56 Registern und 32’-Pedal. Realisieren lies sich aber nur eine kleinere Lösung mit 3 Manualen und 39 Registern. Vorschläge wurden eingereicht von den Firmen Emil Hammer (Hannover), Emanuel Kemper & Sohn (Lübeck), Georg Friedrich Steinmeyer (Oettingen) und Paul Ott (Göttingen). Die Wahl fiel schließlich auf Paul Ott, der den Auftrag 1953 ausführte. Die neue Orgel stand an der Westwand des Mittelschiffs vor dem damals noch zugemauerten Turmjoch. Nach längerer Diskussion entschied man sich für den Prospektentwurf von E. A. Steinbrink, Bremen.

Die Neugestaltung des Kirchenraumes durch Dieter Oesterlen ab 1959 bezog auch die erst wenige Jahre zuvor errichtete Orgel mit ein. Um das Rosettenfenster sichtbar zu machen, wurde die Trennwand zwischen Mittelschiff und Turmjoch abgebrochen, vor der bis jetzt die Orgel stand. Der neue Standort der Orgel war hart umstritten. Architekt, Kantor und Gemeinde einigten sich schließlich auf die Westwand des südlichen Seitenschiffes. In einem neuen Gehäuse wurde die Orgel 1964 dort aufgestellt. Bei dieser Gelegenheit erhielt die Orgel u.a. ein zusätzliches Register im Hauptwerk und neue Prospektpfeifen aus Zinn.

Aus klanglichen Gründen wurde in den folgenden Jahrzehnten mehrfach über eine Veränderung der Orgel nachgedacht, bis 1984 die Firma Karl Schuke (Berlin) mit einer Generalüberholung beauftragt wurde. Hierbei wurden zwei Register im Hauptwerk ausgetauscht, mehrere Zungenregister grundlegend überarbeitet und die Traktur ausgebessert. Auf leicht erhöhtem Winddruck wurde die Orgel neu intoniert und gestimmt.

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