Martin Böcker wurde 1958 in Wetter/Ruhr geboren. An der Westfälischen Hochschule für Kirchenmusik in Herford studierte er bis zum A-Examen. Schon während des Studiums belegte er einige Meisterkurse, die sich speziell mit der Aufführungspraxis alter Musik für Tasteninstrumente auf historischen Instrumenten beschäftigten.
Nach dem Abschluss der Kirchenmusikausbildung schloss er ein Studium für Orgel und Cembalo am Stedelijk Conservatorium Arnhem (NL) an.
Seit 1987 ist er Kantor und Organist der Kirche Ss. Cosmae et Damiani, wo ihm die Orgel von Berendt Huß und Arp Schnitger aus dem Jahre 1675 zur Verfügung steht. Die in der zweiten Stadtkirche St. Wilhadi stehende Orgel von Erasmus Bielfeldt aus dem Jahre 1736 wird ebenfalls von ihm gespielt.
Neben seinen Stader Aktivitäten entwickelte sich ein reiches Konzertleben als Cembalist und als Organist. Er folgte Konzerteinladungen in ganz Europa und Japan. Zahlreiche Rundfunk- und CD-Produktionen tragen seinen Namen. Außerdem ist er gefragter Dozent bei Fachakademien, sein Wissen im Bereich der Aufführungspraxis alter Musik für Tasteninstrumente weiterzugeben.
Für das Alte Land (zwischen Hamburg und Stade) und der Elberegion bis Cuxhaven, eine der berühmtesten europäischen Landschaften mit historischen Orgeln, ist er als Orgelsachverständiger und an der Hochschule für Künste Bremen als Orgeldozent tätig. Seit Bestehen der Orgelakademie Stade (gegr. 2002) ist er deren künstlerischer Leiter.
Martin Böcker spielt(e) im Orgelpunkt am